انتخاب فرآیند تصفیه فاضلاب شامل ارزیابی کامل عوامل مختلفی است که باید در طول ارزیابی واحدهای فرآیندی و عملیاتی و روش های دیگر در نظر گرفته شوند تا اهداف کنونی و آتی تصفیه فاضلاب برآورده شود. مهمترین عواملی که باید در تحلیل و انتخاب فرآیندهای تصفیه فاضلاب ارزیابی شوند در ادامه آورده شده است. هر عامل در جای خود اهمیت دارد، ولی بعضی عوامل به توجه و دقت بیشتری نیاز دارند. در صورتی که قابلیت کاربرد فرآیند برای موقعیتی معین، مبهم و نامشخص باشد، باید مطالعات آزمایشگاهی صورت گیرد تا قابلیت کاربرد فرآیند تعیین شود.
نیازهای پرسنلی
چند نفر و چه سطحی از مهارت برای کار واحدهای عملیاتی یا فرآیندی لازم است؟ آیا این مهارت ها به راحتی در دسترس هستند؟
نیازهای بهره برداری و نگهداری
چه نیازهای ویژه ای برای بهره برداری و نگهداری باید فراهم شود؟ چه لوازم اضافی لازم است و در دسترس بودن آنها و هزینه تصفیه فاضلاب چقدر خواهد بود؟
فرآیندهای جانبی
چه فرآیندهای حمایتی لازم است؟ چگونه در کیفیت جریان خروجی تأثیر می گذارند، مخصوصا وقتی از رده خارج می شوند.
اعتبار
اعتبار بلند مدت فرآیند تصفیه فاضلاب و عملیات بررسی شده چیست؟ یا عملیات یا فرآیند به راحتی مختل می شوند؟
پیچیدگی
پیچیدگی فرآیند تصفیه فاضلاب در صورت کار در شرایط عادی یا اضطراری چقدر است؟
هماهنگی
آیا عملیات و فرآیند واحد با موفقیت در تأسیسات و تصفیه خانه فاضلاب موجود به کار می روند؟
سازگاری
آیا می توان فرآیند را به منظور برآوردن مقتضیات آینده تصفیه فاضلاب خاص مانند تصفیه خانه فاضلاب بیمارستانی تغییر داد؟
اقتصادی
ارزیابی هزینه ها باید شامل هزینه سرمایه اولیه و هزینه های بهره برداری و نگهداری بلند مدت تصفیه خانه فاضلاب بهداشتی باشد.
در دسترس بودن زمین
آیا فضای کافی نه تنها برای تأسیسات و سیستم تصفیه فاضلاب موجود بلکه برای توسعه احتمالی در آینده وجود دارد؟