در تصفیه خانه های دفنی به علت پوشاندن سطح تصفیه خانه، ممکن است دسترسی به تجهیزات و واحدها نسبت به تصفیه خانه های غیردفنی مشکل تر باشد. از طرفی با توجه به امکان تولید گازهای سمی و خطرناک در محیط تصفیه خانه، می بایست تمهیدات مناسبی جهت تهویه گازها در نظر گرفته شود.

در بعضی مواقع نزدیکی محل تصفیه خانه به محل سکونت ممکن است باعث ایجاد ظاهر ناخوشایند گردد. در این حالت با پوشاندن سطح تصفیه خانه و یا استفاده از مصالح قابل دفن (مانند بتن، پلی اتیلن) می توان تصفیه خانه را به صورت دفنی اجرا نمود. در پاره ای مواقع از روی تصفیه خانه دفنی می توان به عنوان فضای مفید استفاده کرد و بنابراین فضای اشغالی توسط تصفیه خانه های دفنی نسبت به غیر دفنی کمتر می تواند باشد.

انتخاب جنس و متریال تصفیه خانه های آب و فاضلاب بستگی به ظرفیت تصفیه، فضای دسترسی، شرایط محیطی، عمق آب های زیرزمینی، کیفیت آب ورودی و غیره دارد.

پساب های آشپزخانه و رستوران عموماً دارای حجم بالایی از چربی و روغن و مواد جامد می باشند بنابراین استفاده از یک سیستم چربی گیر و دانه گیر مناسب در تمامی رستوران ها الزامی می باشد. از طرفی با توجه به آلودگی بالای پساب های آشپزخانه و رستوران، می بایست یک فرایند تکمیلی جهت کاهش بار آلودگی در نظر گرفته شود.

آب خاکستری عموماً پساب روشویی و حمام بدون اختلاط با پساب دستشویی و توالت می باشد. در صورتی که این پساب با پساب توالت مخلوط گردد به پساب بهداشتی (انسانی) نامگذاری می گردد. آب خاکستری آلودگی بسیار کمتری نسبت به پساب بهداشتی داشته و با یک سیستم مناسب پیش تصفیه می توان از آن برای آبیاری فضای سبز استفاده کرد.

آب خاکستری در صورت تصفیه می تواند به عنوان آب ورودی فلاش تانک ها استفاده شود ولی باید توجه داشت که این آب هنوز حاوی آلودگی است و در صورت ماندگاری زیاد در فلاش تانک ها ممکن است باعث تولید بو شود. پیشنهاد می گردد از یک سیستم ضدعفونی کننده مناسب برای این منظور استفاده گردد.

سپتیک ها و سیستم های بی هوازی به علت راندمان پایین آن در اکثر مواقع نمی توانند فاضلاب انسانی را به محدوده استانداردهای فضای سبز برسانند و نیاز به سیستم های پیشرفته تر جهت تکمیل فرآیند تصفیه می باشند.